Tình hình nước Pháp năm 1589 là bất ổn và phức tạp. Tân vương Henri IV kiểm soát khu vực phía tây và phía nam, trong khi Liên minh Công giáo nắm giữ phía bắc và phía đông. Liên minh tín nhiệm Công tước Mayenne và bổ nhiệm ông làm Phó Toàn quyền (Lieuteant-General) vương quốc. Ông cầm quân kiểm soát phần lớn khu vực nông thôn Normandie. Song, đến tháng 9 năm 1589, Công tước Mayenne bị Henri đánh bại trong trận Arques. Trong suốt mùa đông, đạo quân của Henri càn quét khắp vùng Normandie, và chiếm từng thị trấn một trong vùng.

Nhà vua biết rằng nếu không chiếm được Paris thì không có cơ may kiểm soát nước Pháp. Tuy nhiên, không dễ gì có được Paris. Liên minh Công giáo đẩy mạnh tuyên truyền về những sự tàn bạo đối với linh mục và giáo dân Công giáo ở Anh. Người dân thành phố sẵn sàng tử thủ chứ không chịu chấp nhận một quân vương theo đức tin Kháng Cách.

Trận Ivry (ngày 14 tháng 5 năm 1590) là một chiến thắng quyết định cho Henri trước lực lượng của Công tước Mayene. Đạo quân của Henri tiến lên bao vây Paris, nhưng bị thất bại do viện binh đến từ Tây Ban Nha. Nhận thấy không có cơ may cho một quân vương Kháng Cách đăng quang ngay tại Paris, Henri đã thốt lên câu nói trứ danh Paris vaut bien une messe (Paris đáng cho một lễ misa). Năm 1593, Henri chính thức được nhận vào Giáo hội Công giáo Rôma, và được trao vương miện tại Chartres năm 1594.

Trong khi một số thành viên Liên minh Công giáo tiếp tục tranh đấu, nhiều người Công giáo khác hài lòng với quyết định cải đạo của nhà vua, dần dà cánh cực đoan cũng bị cô lập và mất ảnh hưởng. Rồi quân đội Tây Ban Nha cũng triệt thoái chiếu theo Hòa ước Vervins. Henry ra sức tái thiết nước Pháp đang nghèo đói tan tác bởi những xung đột nội bộ, và cố thống nhất lòng dân dưới vương quyền. Nỗ lực đầu tiên của nhà vua là mở các cuộc thương thảo nhằm ban hành Chỉ dụ Nantes. Chỉ dụ này là một dấu chỉ về tinh thần bao dung tôn giáo, trong thực tế đã mở ra một cuộc hưu chiến (dù miễn cưỡng) giữa các phe tranh chấp. Dù vậy, có thể xem Chỉ dụ Nantes là dấu mốc kết thúc cuộc chiến tranh tôn giáo kéo dài của nước Pháp.

Henri cùng cố vấn thân cận, Công tước Sully, nỗ lực tái thiết nước Pháp, và xây dựng một thời kỳ thái bình thịnh trị cho đất nước này.